La 2éme vague sera sympa : le virus a muté et serait plus contagieux.

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Mutation du COVID19
Mutation du COVID19

Des généticiens britanniques et allemands ont cartographié en Q1 2020 la progression du SARS-CoV-2 et ont déterminé qu’il existe actuellement trois souches de ce virus qui se propagent dans le monde entier.

La découverte de la façon dont les variantes se sont formées puis se sont propagées pourrait aider les scientifiques à identifier sa source et à expliquer pourquoi il est si contagieux.

Les chercheurs ont analysé les 160 premiers génomes viraux complets séquencés chez des patients humains entre le 24 décembre et le 4 mars, puis ont reconstitué la première trajectoire évolutive du virus chez l’homme grâce à ses mutations.

“Il y a trop de mutations rapides pour pouvoir tracer avec précision un arbre généalogique du virus. Nous avons utilisé un algorithme mathématique de réseau pour visualiser tous les arbres plausibles simultanément”, a déclaré Peter Forster, généticien à l’Université de Cambridge et auteur principal de l’étude.

Le type A a été trouvé chez des Américains qui avaient vécu à Wuhan, et chez d’autres patients diagnostiqués aux États-Unis et en Australie.

La variante la plus courante trouvée à Wuhan était le type B, selon l’étude, bien qu’il ne semble pas avoir beaucoup voyagé au-delà de l’Asie de l’Est avant de muter, ce qui, selon les chercheurs, était probablement dû à une forme de résistance à cette maladie en dehors de cette région.

Enfin, le type C était la variante la plus souvent trouvée en Europe, d’après des cas en France, en Italie, en Suède et en Angleterre. Il n’a été détecté chez aucun patient en Chine continentale, bien qu’il ait été trouvé dans des échantillons provenant de Singapour, de Hong Kong et de Corée du Sud, selon l’étude.

Bette Korber, biologiste théorique au Laboratoire national de Los Alamos et auteur principal de l’étude, précise  : “La variante D614G a été portée à notre attention pour la première fois au début du mois d’avril, car nous avions observé un schéma répétitif frappant. Partout dans le monde, même lorsque des épidémies locales ont fait circuler de nombreux cas de la forme originale, peu après l’introduction du variant D614G dans une région, il est devenu la forme dominante“.

⚠️ Petite explication évolutive d’un virus.

Un virus, comme toute entité biologique, est soumis à la sélection naturelle.

Quand vous confinez, toutes les souches les moins contagieuses du virus disparaissent. Ensuite, il fait chaud, donc toutes les souches les plus sensibles à la chaleur disparaissent. Vous nettoyez davantage, donc toutes les souches les moins résistantes à une bonne hygiène disparaissent.

Vous constatez une baisse drastique du nombre d’infectés, puisque les mesures font effet.

Puis, vous déconfinez… et là, le problème, c’est que vous remettez en circulation les souches les plus virulentes du virus.

L’inertie est plus grande qu’au départ, certes, la 2ème vague met toujours plus de temps à démarrer que la première. Cependant, lorsqu’elle démarre, elle est plus difficile à contenir…

Nous en sommes là

La seconde vague a bel et bien débuté en Europe centrale cette fois-ci alors que la première vague, elle, continue de se déployer en Amérique du Nord et du Sud.

Les informations géographiques provenant des échantillons de la base de données des séquences virales COVID-19 du GISAID ont permis de suivre ce schéma très récurrent, un changement dans la population virale de la forme originale vers le variant D614G. Ce changement s’est produit à tous les niveaux géographiques : pays, sous-pays, comté et ville.

Deux sources indépendantes de preuves expérimentales qui soutiennent ces premiers résultats sont incluses dans l’étude. Ces expériences supplémentaires, menées par le professeur Erica Ollmann Saphire, docteur en philosophie, à l’Institut La Jolla, et par le professeur David Montefiori, docteur en philosophie, à l’Université de Duke, ont montré que la modification du D614G augmente l’infectiosité du virus en laboratoire.

Ces nouvelles expériences, ainsi que des données cliniques et de séquences plus étendues et des modèles statistiques améliorés, sont présentés dans l’article sur les cellules. D’autres travaux in vivo restent à faire pour déterminer toutes les implications de ce changement.

La variante D614G apparaît comme faisant partie d’un ensemble de quatre mutations liées qui semblent avoir surgi une fois puis s’être déplacées ensemble dans le monde entier comme un ensemble cohérent de variations, ce qui est très surprenant et assez inédit dans l’histoire des virus (et j’en percevais déjà les premiers signes, voir aussi les messages sur le sujet mars/avril avec la fonction recherche, quand je postais des images des cartes de mutations, etc.).

Un des principaux experts de l’étude a noté que “ces résultats suggèrent que la nouvelle forme du virus pourrait être encore plus facilement transmise que la forme originale – que cette conclusion soit confirmée ou non, elle souligne la valeur de ce qui était déjà de bonnes idées : porter des masques et maintenir une distance sociale“.

Les partenaires de recherche du Laboratoire national de Los Alamos, de l’Université de Duke et de l’Université de Sheffield ont initialement publié les travaux de cette analyse sur le site bioRxiv dans une prépublication d’avril 2020.

Ce travail comprenait également des observations de patients COVID-19 de Sheffield qui suggéraient une association du variant D614G avec des charges virales plus élevées dans les voies respiratoires supérieures.

“Il est possible de suivre l’évolution du SRAS-CoV-2 à l’échelle mondiale parce que les chercheurs du monde entier mettent rapidement à disposition leurs données de séquences virales par le biais de la base de données de séquences virales du GISAID”, a déclaré M. Korber. Actuellement, des dizaines de milliers de séquences sont disponibles grâce à ce projet, ce qui a permis à Korber et à l’équipe de recherche d’identifier l’émergence de la variante D614G.

Pour rappel voici notre article de fin avril 2020 :

“Le grand relâchement” va nous amener cette seconde vague si destructrice qu’on a essayé d’éviter depuis 2 mois.